当我们呼吸时，空气便进入我们的机体，但同时也将其它物质带进了呼吸系统，如：花粉、灰烬、灰尘、霉菌孢子、有机粒子、病毒和细菌。这些物质都有可能损害气道健康，并会进入肺内。

为避免这些危险，呼吸系统形成了各种兼具免疫性和机械性的防御方法。

呼吸系统的防御机制包括：

• 鼻毛；
• 粘液纤毛传输；
• 咳嗽和打喷嚏。

鼻毛是抵抗吸入的空气中所含危险的首道屏障，大多数有害物质都被鼻腔内的鼻毛挡住；鼻毛还能在吸入的空气进入下呼吸道之前对其进行加热与潮湿。粘液纤毛传输系统将整个呼吸管包裹住（从咽到气管），起到防护作用。这些器官的内壁遍布由腺分泌出的粘液，可以挡住未被鼻毛拦截的细小微粒。被有害物质粘附住的粘液会被其下方的纤毛系统传输至上呼吸道，然后由鼻腔和口腔排出。所以当我们擤鼻子时，呼吸系统可随之将危害机体健康的“异物”排出。咳嗽与打喷嚏可被视为机体的应急机制。当异物颗粒太大，难以被粘液纤毛传输系统清除时；或者因感染和病症导致机体生成过多粘液，同时若这些粘液留于体内会导致进一步感染与病情加重时，机体会启动特定神经受体，以极快的速度（往往会超过300 km/h）呼出大量空气，同时将异物排出。